Hộp số sàn mới được bổ sung được thiết kế phục vụ thuần túy bản chạy động cơ 3.0L 6 xy-lanh tăng áp 382 mã lực, 497 Nm mô-men xoắn. Hộp số sàn 6 cấp mới này có tên iMT (intelligent Manual Transmission – hộp số sàn thông minh), được thiết kế để tối ưu hoá hiệu suất. Nhờ hộp số này mà mô-men xoắn của động cơ được tối ưu hóa hơn tại thời điểm tài xế nhấn ga, nhả bàn đạp côn trong quá trình chuyển số. Nếu phần mềm không theo ý muốn của bạn, nó có thể được tắt ở chế độ Thể thao.

Ngoài việc tinh chỉnh vỏ hộp số và loại bỏ các yếu tố không cần thiết để giảm trọng lượng trang bị này, Toyota còn rút ngắn tỉ số lái cuối để cải thiện trải nghiệm cầm lái của người dùng trong giai đoạn tăng tốc đầu tiên ở số thấp. Phần mềm đi cùng cũng được thiết kế để mang lại lực kéo động cơ tối ưu khi kích hoạt chân côn và khi nhả ra để lên số.

Các hệ thống kiểm soát lực bám đường, kiểm soát cân bằng điện tử và chống lật đều được tinh chỉnh lại để phù hợp với hộp số mới, cùng với đó là chế độ lái Track hỗ trợ drift và Hairpin+ tăng cường trải nghiệm phấn khích khi vào cua liên tục.

Bên cạnh cấu hình chạy hộp số sàn được bổ sung, Toyota GR Supra 2023 cũng được cập nhật nhẹ hệ thống treo/giảm xóc, hệ thống đánh lái điện tử và vi sai chủ động phía sau trên bản chạy động cơ 3.0L. Một số tùy chọn màu, mâm 19 inch và dàn 12 loa JBL cao cấp mới cũng được bổ sung.

Toyota bổ sung thêm phiên bản A91-MT Edition cho GR Supra 2023. Phiên bản đặc biệt này sẽ chỉ được sản xuất với số lượng 500 chiếc với màu sơn ngoại thất trắng nhám Matte White hoặc xám CU Later Grey độc quyền. Toyota GR Supra A91-MT Edition sẽ được trang bị bộ mâm 19 inch sơn màu xám Frozen Gunmetal Grey, logo "Supra" và thanh giằng màu đỏ.